A legtöbb esetben a vízgyűjtő ciszternákba az esővíz közvetlenül a tetőfelületekről és burkolatokról kerül bele, jellemzően minimális vagy semmilyen előszűrés és kezelés nélkül. Ez a víz gyakran hosszú ideig, akár hónapokig is mozdulatlanul áll a ciszternában, rendszeres frissítés vagy keringetés hiányában.
Ennek következtében – a víz forrásától, a környezeti hatásoktól és a tárolás körülményeitől függően – a ciszternában tárolt víz minősége romlani kezdhet. Világosabb vagy részben fényáteresztő rendszerekben algásodás alakulhat ki, míg zárt, sötét ciszternák esetén inkább az iszaplerakódás, a biofilm-képződés és a szerves anyagok bomlása jellemző.
A ciszterna falán és alján idővel felhalmozódhat több évnyi lebomlott vagy bomlás alatt lévő szerves anyag, például levelek, por, elhullott rovarok, lárvák, illetve akár kisebb állatok maradványai is. Ezek a bomlási folyamatok kellemetlen, savanyú vagy rothadó szagokat eredményezhetnek.
Ezen szagok megszüntetésére, valamint a vízgyűjtő ciszterna higiénikus állapotának és a tárolt víz minőségének helyreállítására, a megfelelő és tartós megoldás a szakszerű ciszternatisztítás.
